由于系统性红斑狼疮的病因不明，目前尚没有特效药，而且各患者的具体表现不一样，故治疗应个体化。
治疗系统性红斑狼疮的常见药品类别：
1、 非甾体抗炎药
如现在医院及药店常有的布洛芬、芬必得、消炎痛、扶他林等都属于此类药，用于发热、关节肿痛、肌肉痛等症状的对症治疗，但它们都有较严重的副作用，主要引起胃肠道和肾脏损害，还可导致转氨酶升高和血细胞减少，有消化道溃疡的患者禁用。目前此类药有一些新药，如莫比可、澳湿克、西乐葆等，可减少上述一些副作用的发生，但对于肾脏的副作用并不减少。
2、糖皮质激素
此药仍是治疗系统性红斑狼疮的主要药物，目前口服用的最多的是强的松(5mg/片)，静脉常用的有甲基强的松龙。激素药适用于急性活动性病例，特别是急性爆发性狼疮、急性狼疮性肾炎、急性中枢神经系统狼疮及合并严重的贫血、白细胞及血小板减少。由于激素有许多副作用，应强调在控制疾病活动的情况下尽量减少用量，但不能突然停药，以免病情加重。
3、抗疟药
主要有氯喹和羟基氯喹，对于控制皮肤损害(蝶型红斑、盘状红斑)、光过敏、关节炎很有效，但起效慢，需较长时间服药才见效。此类药有导致视网膜病变的副作用，用药前及用药期间应定期查视野及眼底。
4、免疫抑制剂
对于单纯使用糖皮质激素不能控制病情的患者，及有较严重的肾损害、神经系统损害的患者均应考虑应用免疫抑制剂。目前最常用的是环磷酰胺，用法有每天口服或每月静脉冲击一次，它有骨髓抑制、降低免疫功能、性腺抑制等副作用，用药时注意复查肝功和血常规。其他可选择的免疫抑制剂有硫唑嘌呤、甲氨喋呤等。目前新上市的一种免疫抑制剂：霉酚酸酯(商品名：骁悉)，副作用较少，可选择使用。
5、中医药治疗
中西医结合治疗有利于提高疗效，传统使用较多的成药有雷公藤多甙，但有较严重的副作用，特别是性腺抑制，长期可引起女性停经，男性不育。其它中草药可在中医医生的指导下服用，但建议服中药期间不要擅自停用激素，以免加重病情。
